Nacque in Portogallo a Lisbona nel 1195, e fu battezzato con il nome di Fernando.  La sua famiglia era nobile e potente: suo padre era Martin Vincencio de Bulhoes, cavaliere di Re Alfonso II del Portogallo, e discendente di Goffredo di Bouillon, comandante della Prima Crociata.  Anche sua madre, Maria Teresa Taveira, era di nobile stirpe.   Vivevano presso la Cattedrale di Lisbona, erano profondamente religiosi e Fernando frequentò la scuola della Cattedrale.   Nel 1210, a quindici anni, entrò a far parte dei Canonici Regolari di Sant'Agostino nel convento di San Vincenzo, appena fuori dalle mura della città.

Parenti ed amici andavano spesso a trovarlo e, nel 1212, egli si trasferì al Convento di "Santa Croce", con il permesso del suo superiore, per non essere distratto da loro.
Rimase lì per otto anni, dedicandosi principalmente allo studio ed alla preghiera.
Nell'anno 1220, cinque frati francescani del monastero di "San Antonio de Olivares", fondato nel 1217 vicino Coimbra, furono trucidati in Marocco, Nord Africa,  ed i loro corpi furono riportati in patria per la sepoltura.
Anche Fernando voleva diventare un missionario ed un martire, proprio come loro.
Nel frattempo, ebbe una visione:  gli apparve un pallido frate sconosciuto, che lo invitava ad indossare il saio francescano.

Fernando decise di unirsi ai francescani e confidò la sua intenzione ad alcuni frati minori che venivano a chiedere l'elemosina all'Abbazia dei Canonici Regolari.  Ricevette l'abito religioso francescano dalle loro stesse mani, proprio nel convento agostiniano, e prese il nome di Antonio, in onore del grande abate del deserto, che era il Patrono del monastero francescano "San Antonio de Olivares".

Fu inviato in Marocco per predicare ai musulmani, ma si ammalò e fu costretto a ripartire per il Portogallo.  La sua nave, tuttavia, fu travolta da una violenta tempesta e dirottata sulle coste della Sicilia.   Avendo saputo dai frati di Messina che si sarebbe tenuto un Capitolo Generale ad Assisi il 30 maggio 1221, Antonio arrivò in tempo per prendervi parte. In quell'occasione, egli riconobbe il pallido frate che gli era misteriosamente apparso mentre si trovava ancora nel convento agostiniano:  Francesco d'Assisi.

Padre Graziano, "Ministro Provinciale" di Coimbra, sapeva che Antonio desiderava un luogo dove poter vivere in solitudine e penitenza, per entrare pienamente nello spirito e nella disciplina francescana. Avendo bisogno di un sacerdote nell'eremo di Montepaolo, vicino Forlì, mandò Antonio in quel convento, dove egli parve destinato ad una tranquilla oscurità... Nessuno conosceva lui, nè la sua nobile origine, nè la sua cultura, ed egli si rallegrò per tale situazione.  Celebrava la Messa, ma si dedicava anche ai più umili compiti, per essere davvero uguale ai confratelli.   Quando aveva tempo, si recava in una caverna nel bosco, dove rimaneva in meditazione e preghiera il più a lungo possibile.

Il 24 settembre 1222, nella cattedrale di Forlì, ebbe luogo un convegno di domenicani e francescani.  Ognuno dei gruppi pensava che l'altro avrebbe fornito il predicatore, per cui nessuno di loro si era preparato.  Nell'emergenza, scelsero Antonio: fu spinto avanti ed invitato a dire qualcosa.  Egli, costretto dall'obbedienza, parlò dapprima timidamente, ma ben presto cominciò a spiegare con fervore i significati più reconditi della Sacra Scrittura e stupì gli ascoltatori con la sua profonda erudizione e la sua sublime dottrina.  Fu richiamato dall'eremo ed incaricato di predicare.
Nel 1224, S.Francesco gli scrisse una lettera, assegnandogli il compito di insegnare teologia ai confratelli: "A frate Antonio, mio vescovo, frate Francesco augura salute.   Ho piacere che tu insegni la sacra teologia ai frati, purchè in questa occupazione, non estingua lo spirito dell'orazione e della devozione, come sta scritto nella Regola".

Antonio possedeva in sommo grado tutte le migliori qualità di un eloquente predicatore:  aveva un'eccellente capacità di comprensione, una memoria prodigiosa, una perfetta conoscenza delle Scritture, ed il libro dei suoi "Sermoni" riflette tale conoscenza.  Oltre a ciò, aveva i doni straordinari della profezia e dei miracoli.  Viaggiò in numerosi luoghi dell'Italia settentrionale e della Francia, attrasse immense folle,  riuscì a convertire molti colti eretici  di tali zone, per cui fu soprannominato "Martello degli eretici".

Fra i numerosi miracoli da lui compiuti, i tre più famosi, riguardanti la conversione di eretici, sono i seguenti:

• Alcuni eretici italiani gli avevano offerto cibo avvelenato, che lui rese innocuo con il segno della croce.

• Un giorno, quando si accorse di predicare invano ad una folla di eretici che non lo ascoltavano, si rivolse ai pesci, che lo ascoltarono attentamente.

• La mula di un eretico era digiuna da tre giorni, ma ignorò il cibo che era stato messo a sua disposizione, e si inginocchiò dinanzi al S.Sacramento.

Con lo zelo di un apostolo, lottò contro i vizi della lussuria, avarizia e tirannia, cercando di correggere la moralità del suo tempo.
Divenne famoso per le sue confutazioni delle eresie e per le sue denunce contro il clero che viveva in modo indegno e contro personaggi potenti che opprimevano la gente comune.
Dopo essere stato "Guardiano" a Le-Puy nel 1224, Antonio fu eletto "Custode Provinciale" nella provincia di Aquitania nel 1226,  e si stabilì a Limoges, dove fondò un monastero.
Nello stesso anno, durante il Capitolo Provinciale di Arles, mentre Antonio stava predicando sui misteri della Croce, Francesco apparve e benedisse tutti i frati:  era sospeso nel vuoto e le sue braccia formavano una croce.

Francesco morì la sera del 3 ottobre 1226, e Antonio fu richiamato dalla Francia per partecipare al Capitolo Generale, tenuto ad Assisi il 30 maggio 1227, in cui si sarebbe dovuto eleggere il suo successore.
Antonio fu nominato "Ministro Provinciale" dell'Italia del Nord dal nuovo Ministro Generale, Giovanni Parenti, e ricoprì tale carica fino al 1230.

Tra il 1228 ed il 1231, Antonio trascorse molti mesi a Padova, dove scrisse i suoi "Sermoni".  La chiesa di "Santa Maria Mater Domini" fu il suo rifugio spirituale durante il periodo della sua attività apostolica più intensa.
Nel 1228, si recò a Roma su richiesta del Ministro Generale,  Proprio mentre Antonio stava per tornare a Padova, Papa Gregorio IX espresse il desiderio di conoscerlo personalmente e di udirlo predicare.  Il Pontefice ed i Cardinali rimasero tutti strabiliati. Gregorio IX lo soprannominò "Arca del Testamento" e gli chiese di predicare per i pellegrini in occasione della Pasqua.
In seguito, Antonio andò ad Assisi per la canonizzazione di S.Francesco e poi tornò a Padova.

Il 30 maggio 1230, per poter dedicare più tempo alla predicazione, rinunciò al suo incarico di Ministro Provinciale al Capitolo Generale di Assisi, che ebbe luogo 5 giorni dopo la translazione del corpo di S.Francesco nella nuova basilica costruita in suo onore.  Antonio fu nominato "Predicatore Generale" e mandato a Roma.  Pochi mesi dopo, alla fine dell'autunno, tornò a Padova.
Lì avvenne il famoso miracolo del piede amputato:  un giovanotto di nome Leonardo, in un accesso di collera, diede un calcio alla propria madre.
Pentito, si tagliò il piede e S.Antonio miracolosamente lo riattaccò alla gamba.

L'ultima Quaresima in cui predicò fu quella del 1231.  I suoi sermoni furono diretti principalmente contro l'usura, l'odio e l'inimicizia, ed i suoi sforzi furono coronati da meravigliosi successi.
Avvennero riconciliazioni, furono ristabilite la pace e la concordia  fu restituita la libertà ai debitori e ad altri prigionieri, molte persone furono risarcite e fu offerta riparazione a gravi onte.
Grazie ai suoi sforzi, il 15 marzo la città di Padova promulgò una nuova legge secondo la quale, in futuro,  un debitore o un garante non avrebbe potuto essere privato della propria libertà personale, pur trovandosi nell'impossibilità di pagare.  Prima di questa legge, una persona poteva essere messa in prigione, se non aveva i mezzi per saldare il proprio debito.
Una folla incessante si accalcò intorno al confessionale di Antonio: la chiesetta di "Santa Maria Mater Domini" non riusciva a contenere la crescente moltitudine... nessuna chiesa sembrava abbastanza grande per accogliere tanta gente.... egli non riusciva ad accontentare tutti, sebbene altri confratelli e sacerdoti della città cercassero di aiutarlo.
Antonio continuava la sua opera pastorale fino al tramonto, pregando, insegnando, ascoltando confessioni e spesso digiunando.

Dopo gli intensi quaranta giorni di predicazione, Antonio era esausto ed il suo stato di salute stava peggiorando, per cui si ritirò in un convento francescano a Camposampiero, un paese vicino Padova. 
Questo eremo era stato donato ai frati dal conte Tiso, il signore di quelle terre, che accolse il Santo con grande gioia.
Dietro richiesta di Antonio, egli costruì per lui una cella solitaria su di un immenso noce nel bosco: Antonio rimaneva lì tutto il giorno, in preghiera e meditazione.  Ogni sera scendeva dal noce e tornava al monastero. 

Una notte, il conte Tiso fu spettatore di un evento prodigioso nella cella del Santo: Antonio teneva in braccio Gesù Bambino.   Riguardo a tale celebre apparizione, alcuni scrittori francesi affermano che avvenne nei dintorni di Limoges.  Forse questo evento meraviglioso accadde più di una volta durante la vita di Antonio.

Il 13 giugno 1231, Antonio sentì approssimarsi la morte ed espresse il desiderio di tornare a Padova.
Dovette fermarsi lungo il cammino, per un ulteriore peggioramento delle sue condizioni di salute, presso il convento francescano "Santa Maria de Cella" (Arcella) nei dintorni di Padova, dove c'era un monastero dei frati minori ed uno di Clarisse.

Antonio pregò la Beata Vergine e Suo Figlio Gesù, poi, rafforzato dall'apparizione di Nostro Signore, morì all'età di trentasei anni.
I frati e le monache del convento "Arcella",  i frati di "Santa Maria Mater Domini", ed anche la gente comune di vari quartieri di Padova, desideravano tutti avere il corpo di Antonio presso di loro.
Le autorità civili ed ecclesiastiche intervennero per placare la folla e decisero di rispettare le ultime volontà di Antonio, seppellendolo nella chiesetta di "Santa Maria Mater Domini" il 17 giugno 1231.

Probabilmente la sua bara non fu sotterrata, ma sospesa in un'arca-tomba, per permettere al crescente numero di fedeli di vederla e toccarla.  I miracoli attribuiti ad Antonio subito dopo la sua morte sono troppo numerosi per raccontarli.
Papa Gregorio IX era fermamente convinto della sua santità, perciò lo iscrisse, ad appena un anno dalla morte (Pentecoste, 30 maggio 1232), nel calendario dei Santi della Cattedrale di Spoleto. 

Cinquantatre dei miracoli che furono letti dinanzi a Papa Gregorio IX, sono narrati nella "Prima Vita di S.Antonio", nota anche come "Assidua", scritta nel 1232 da un anonimo frate minore.
Nello stesso anno, gli abitanti di Padova posero la prima pietra di una nuova stupenda chiesa: la Basilica di S.Antonio.

Nel 1263, San Bonaventura da Bagnoregio, Ministro Generale dell'epoca,  diresse il trasferimento delle preziose reliquie nella nuova Basilica.  L'arca con i resti mortali di S.Antonio fu probabilmente posta al centro del transetto, di fronte al presbiteriio, sotto l'attuale cupola conica.

Le sacre reliquie furono solennemente trasferite di nuovo nel 1310, quando fu completata la nuova cappella dedicata a S.Antonio, all'estremità sinistra del transetto.
Nel 1350, il Cardinale Guido de Boulogne, essendo stato guarito dalla peste, venne a Padova per adempiere un voto e per donare un prezioso reliquiario in cui fu posto l'osso mandibolare di S.Antonio. La lingua era ancora in perfetto stato di conservazione.  Anche l'avambraccio sinistro ed altre ossa minori furono conservate in speciali reliquiari nella Cappella del Tesoro.
Una temporanea translazione avvenne quando la Cappella gotica di S.Antonio fu demolita per fare spazio alla nuova Cappella rinascimentale che, sebbene incompleta, fu inaugurata nel 1532.