Margherita nacque in una povera famiglia di Laviano, in Toscana.
Sua madre, una donna molto affettuosa e pia, morì quando lei aveva sette anni.  Suo padre si risposò due anni dopo, ma la sua nuova moglie odiava Margherita e le rendeva la vita difficile.
Ella divenne una ragazza di straordinaria bellezza, e a 17 anni fuggì con un giovanotto nobile. Per nove anni visse con lui nel suo castello vicino Montepulciano, ed ebbe anche un figlio.
Amava adornarsi con vestiti lussuosi e bei gioielli, eppure, allo stesso tempo, era molto generosa con i mendicanti, e spesso cercava di aiutarli come meglio poteva.

Implorò frequentemente il suo amante di sposarla: egli promise di farlo, ma non lo fece mai, poichè le convenzioni sociali non ammettevano il matrimonio fra un aristocratico ed una plebea. 
Nel 1273, egli partì per visitare una delle sue proprietà, ed incontrò una fine tragica e misteriosa.  
Secondo la tradizione, il suo fedele cane ritornò, mugolando e dando strattoni al vestito di Margherita. Ella lo seguì nella foresta e trovò il cadavere sfigurato del suo amante.
Non si seppe mai la verità sulla sua morte.
Scossa e piena di terrore, Margherita si chiese: "Dov'è adesso la sua anima?".

 Decisa a cambiare vita, prese suo figlio e lasciò Montepulciano.  Si tagliò i capelli come una penitente, s'inginocchiò alla porta della chiesa con una corda intorno al collo, chiedendo perdono a tutti per lo scandalo provocato dal suo comportamento.
Suo padre voleva accoglierla in casa, insieme al bambino, ma la matrigna si oppose.
Margherita si sedette sotto un albero, senza dimora e non sapendo dove andare.

Guardò in direzione del castello di Montepulciano: poteva tornare lì, sfruttando la propria bellezza, ma pregò con fervore e riuscì a respingere questa pericolosa tentazione.

La Grazia Divina la ispirò a dirigersi verso Cortona, dove S.Francesco aveva fondato un convento, chiamato "Eremo delle Celle".

Margherita aveva sentito parlare della bontà dei frati francescani nei confronti dei peccatori e desiderava porsi sotto la loro direzione spirituale.

Incontrò due buone signore che notarono la sua solitudine, e le offrirono rifugio e protezione.  La presentarono ai frati, che la accolsero con gentilezza, e Margherita fece una confessione generale, piangendo sul suo passato.  Trovò due frati, davvero degni di nota, Giovanni da Castiglione e Giunta Bevegnati, a cui chiedere consiglio.

Frate Giunta divenne il suo confessore e, dopo la sua morte, il suo primo biografo.
Per tre anni, ella visse con suo figlio in una baracca e finalmente, quando i frati furono davvero convinti della sua sincerità, ricevette l'abito del Terzo Ordine.
Suo figlio fu mandato a scuola ad Arezzo e, pochi anni dopo, divenne francescano anche lui.

Inizialmente, Margherita si guadagnò da vivere badando ai bambini e accudendo le signore della città.  In seguito, si dedicò completamente alla preghiera ed alla cura dei poveri, specialmente se malati.
Si sostentava solo con le elemosine della gente, e divideva tutto ciò che aveva con coloro che erano più bisognosi di lei.

Nel 1286, il Vescovo di Arezzo le diede una Statuto che le consentiva di porre il suo lavoro su basi permanenti. Margherita formò un gruppo di terziarie, una Congregazione chiamata Le Poverelle, ed aprì un ospedale.
In seguito, fondò anche la Confraternita di Nostra Signora della Misericordia, per le dame che volevano aiutare l'ospedale, assistendo i malati ed i poveri.
Ella trascorreva gran parte della notte in preghiera e contemplazione, dormendo poche ore sulla nuda terra. Vestiva sempre di stracci e mangiava solo un pò di pane con verdure crude. Le sue penitenze erano così severe che spesso il suo confessore le consigliò di moderarsi.
Odiando la propria bellezza, tentò di sfigurarsi il viso con un rasoio, ma frate Giunta glielo impedì.

Man mano che si avvicinava a Dio, le venivano concesse estasi e doni divini.  Dava consiglio ai penitenti che incominciavano a cercarla, con il diffondersi della sua fama di santità.
Molti peccatori si convertirono grazie alle sue parole, molti malati ritrovarono la salute, un ragazzo morto fu riportato alla vita e molte persone possedute dal demonio furono liberate e riacquistarono la loro interezza spirituale.

Nel 1288 Margherita si trasferì presso la cadente chiesa di S.Basilio, sopra la città, dove trascorse il resto della sua vita. Morì a 50 anni, il 22 febbraio 1297. 

In seguito, la chiesa fu completamente ricostruita e dedicata a lei. Il suo corpo ancora incorrotto si trova in un'urna d'argento sull'altare maggiore. 

Qui è conservato anche il Crocifisso che le chiese "Che vuoi, Poverella?" e a cui Margherita rispose: "Solo Te, o mio Signore!".
Dopo la sua morte avvennero subito molti miracoli e fu acclamata come santa, ma non fu ufficialmente canonizzata fino al 1728 da Papa Benedetto XIII.  La sua ricorrenza è il 22 febbraio.