Nonostante ci sia una grande distanza dal suo luogo di nascita, quest'ipotesi meriterebbe ulteriori indagini.  In seguito si recò a Dumfries, dove suo zio Elias era Guardiano e Vicario Generale della  neo-costituita Provincia Conventuale della Scozia. Fu proprio a Dumfries che il giovane John fu accolto nell'Ordine Francescano Conventuale, all'incirca nell'anno 1281.

Fu ordinato sacerdote il 17 marzo del 1291 da Oliver Sutton, Vescovo di Lincoln, a Northampton in Inghilterra, e continuò i suoi studi ad Oxford.  In seguito, John tenne dei corsi ad Oxford e Cambridge, e poi fu mandato a Parigi, dove conseguì nel 1305 la Laurea con Specializzazione in Teologia.  Era sempre in movimento, facendo la spola tra Parigi ed Oxford.

L'allora re, Filippo il Bello, si trovava in contrasto con Papa Bonifacio VIII.  Il re francese aveva imposto alcune tasse sulle proprietà della Chiesa senza informarne il Papa.  Il monarca, sebbene in disaccordo con la Santa Sede, cercò l'approvazione del clero in Francia. Forse a causa del Celta che era in lui, e della conseguente antipatia per i proprietari avidi di pigioni da aumentare,  John non potè schierarsi con re Filippo e quindi gli furono concessi tre giorni di tempo per lasciare la Francia, insieme ad altri dissidenti.  Scotus tornò per riassumere il suo incarico presso l'Università di Parigi.

All'inizio del 1308 Scotus lasciò di nuovo Parigi, stavolta non per motivi politici, ma forse a causa della sua dottrina sull'Immacolata Concezione, che egli difendeva contro i teologi predominanti a Parigi.   Comunque, per mezzo della santa obbedienza e su consiglio di un superiore dell'Ordine, John finì con l'insegnare all'Università di Colonia nella Casa di studi Francescana e morì lì nel 1308 all'età di 43 anni.
Sebbene fosse un letterato come tanti altri, fu oggetto di grande ammirazione da parte dei frati che gli furono compagni, e delle persone presso cui prestò servizio, grazie alla sua fervente devozione verso la forma di vita che aveva scelto.  Predicava a piedi nudi e nutriva un immenso amore per i poveri.

Scotus difese la dottrina dell'Immacolata Concezione a Colonia ed a Parigi, ed una disputa da lui abilmente sostenuta a Parigi, convinse quell'Università ad adottare tale dottrina ed a conferire a John Duns Scotus il titolo di "Acuto Dottore".  Questi eventi accaddero nel 1387, quasi 80 anni dopo la sua morte, e mostrano quanto rapidamente si fosse diffusa l'opinione Scotista e quanto profondamente avesse messo radici, almeno in Francia. 

Un dottore Domenicano, John Montesono, che aveva pubblicamente negato l'Immacolata Concezione, fu condannato dell'Università e dal Vescovo di Parigi. L'opinione del Beato John sull'Immacolata Concezione prevalse definitivamente, ma non fu dichiarata Dogma Cattolico fino al 1854 (da Papa Pio IX).  Fino ad allora, essa causò grandi controversie per cinque secoli, in particolare fra i teologi Francescani e Domenicani. Le differenze fra Scotus e San Tommaso d'Aquino ebbero l'utile effetto di mantenere in piena efficienza la vita intellettuale ed la discussione nella Chiesa.

Il Beato John Duns Scotus è anche conosciuto per essere stato il teologo dell'amore di Dio. "Dio desidera amare. Dio desidera essere amato. Dio desidera avere co-innamorati di se stesso" - Opus Parisiense.
Il suo insegnamento e tutti i suoi studi scaturiscono dal bellissimo ma semplice messaggio della prima lettera di San Giovanni: "Dio è amore. Chi vive nell'amore, vive in Dio e Dio in lui." (1 Giov 4:16). Per Scotus, Dio "ama se stesso" nella sua creazione e cerca amore da "ogni essere umano che sia capace di amarlo".
Possiamo scegliere di non amare Dio, di non cooperare, e questo avviene quando pecchiamo, ma Dio è sempre lì, desideroso di amarci.
John Duns Scotus insegnò anche che l'Incarnazione sarebbe avvenuta, e che Cristo sarebbe diventato uomo, anche se non ci fosse stata la "Caduta", e l'Uomo non avesse peccato.
Dio amava troppo la sua creazione.

All'estremità della sua tomba c'è questa massima: "Schottland hat mich geboren, England hat mich aufgenommen, Gallien hat mich gelehrt, Koln besitzt mich."   
Tradotto grossolanamente (da me) significa:"La Scozia mi ha dato i natali, l'Inghilterra mi ha adottato, la Francia è stata la sede dei miei studi e Colonia mi possiede".  
Fui tanto fortunato da visitare Colonia lo scorso giugno, e mi recai in pellegrinaggio al suo santuario nella Chiesa Francescana.  
Nonostante l'edificio fosse nel bel mezzo di una indaffaratissima città tedesca, un senso di pace e di calma pervadeva la cappella.