Francesco nacque ad Assisi nell'inverno del 1181 da Pietro di Bernardone e Madonna Pica, in una delle famiglie più agiate della città.

La madre scelse il nome di Giovanni, cambiato in Francesco quando  il padre tornò a casa da un viaggio di lavoro in Provenza. 

Francesco conduceva una vita spensierata, animando le feste tra amici, e suo padre cercò di avviarlo al più presto alla propria attività di commercio in spezie e stoffe. Un giorno, si presentò alla porta un mendicante: dapprima Francesco lo mandò via in malo modo, poi lo rincorse, si scusò e gli donò del denaro.

Il suo sogno era di diventare un nobile cavaliere. Il campo di battaglia rappresentava il luogo migliore per conquistare la gloria ed il prestigio a cui anelava.

La prima occasione che gli si presentò fu quella di partecipare, all'età di vent'anni, alla guerra tra Assisi e Perugia. 

Fu fatto prigioniero e si ammalò durante la lunga permanenza in carcere. Tornò a casa dopo un anno, in gravissime condizioni di salute. 

Finalmente guarito, decise di cercare ancora la gloria, al seguito di un condottiero.  Il suo viaggio terminò a Spoleto, dove ebbe un'apparizione del Signore, che gli ordinava di tornare indietro: questo fu l'inizio di una graduale conversione, incomprensibile agli acchi di parenti ed amici. 

Un giorno, trovandosi davanti ad un lebbroso, non fuggì, come avrebbe fatto in passato, ma gli si avvicinò e lo baciò.

I suoi amici lo schernivano, trovando ridicolo il suo nuovo comportamento, quindi Francesco scelse il silenzio e la meditazione fuori le mura della città, sostando spesso presso la cadente Chiesetta di San Damiano.  Un giorno, il crocifisso che era nella cappellina gli parlò: "Va, ripara la mia casa che cade in rovina".

Francesco vendette le stoffe del padre e portò il ricavato al sacerdote di San Damiano. L'ira di Pietro di Bernardone fu tale da costringere Francesco a nascondersi. La disputa familiare terminò con l'intervento del Vescovo di Assisi.

Il Vescovo fu molto comprensivo nei confronti di Francesco: gli consigliò di restituire il denaro ed gli assicurò che Dio avrebbe provveduto a tutto.  Erano proprio le parole che Francesco aveva bisogno di sentire.

Non solo restituì il denaro, ma si spogliò degli abiti e rinunciò a tutti i beni paterni dinanzi alla folla che si era radunata sul piazzale. Inoltre, dichiarò che Pietro Bernadone non era più suo padre e che da quel momento in poi avrebbe potuto dire in totale libertà: "Padre nostro che sei nei cieli".

Scissi i legami con il padre terreno, Francesco si dedicò completamente al Padre Celeste, ricostruendo innanzitutto San Damiano e la minuscola Chiesa, detta  Porziuncola, che divenne il suo luogo prediletto.

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Un'altro luogo particolarmente amato da Francesco nel corso della sua vita fu l'Eremo delle Carceri, sul Monte Subasio.

Le gesta di Francesco non passarono inosservate e dopo qualche tempo, si affiancarono i primi compagni: Bernardo da Quintavalle, Pietro Cattani, Egidio, Filippo Longo...

La provvisoria dimora dei primi Frati minori fu il Tugurio di Rivotorto, nei pressi di Assisi.

In seguito, vi fu un periodo di spostamenti, costellato di importanti episodi, fra cui il famoso incontro con il feroce lupo di Gubbio, ammansito dalle parole del santo.

Tra il 1209 ed il 1210, Francesco scrisse una breve Regola, poi si recò a Roma con i suoi compagni, per chiedere l'approvazione di papa Innocenzo III.  Il Papa, in sogno, ebbe la visione della Basilica Lateranense in rovina, sostenuta da Francesco che ne evitava la distruzione. Egli approvò verbalmente la Regola e la vita dell'Ordine dei Frati Minori.

Iniziarono i contatti con Chiara d'Assisi, che nel 1211 lasciò la sua nobile e ricca famiglia per seguire l'esempio di Francesco.

La sorella Agnese, la madre Ortolana ed molte altre donne non tardarono a raggiungerla. Nacque così a San Damiano il secondo Ordine di San Francesco. 

Un Ordine Francescano, contemplativo, di clausura, meglio conosciuto con il nome di "Povere Dame" o "Povere Signore". Le suore vennero chiamate Clarisse dopo la morte di Chiara.

L'Eremo "Le Celle" di Cortona, in Toscana, è il primo Convento costruito da Francesco. Lo fondò nel 1211 e vi soggiornò molti anni dopo, dopo aver ricevuto le "stimmate".

Ancora adesso si possono vedere la sua celletta e l'oratorio dei suoi primi compagni. Oggi è abitato dai Frati Cappuccini che continuano nel tempo l'esperienza di preghiera ereditata da S.Francesco, rendendone partecipi i fratelli.

Nel 1213, il Conte Orlando di Chiusi donò a Francesco il Monte della Verna, in Toscana.

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Nel settembre 1224, mentre si trovava sul Monte della Verna, sul suo corpo apparvero le stimmate, il segno di Cristo e della santità. 

Francesco, ormai stanco e sempre più gravemente ammalato, anche a causa del suo continuo peregrinare per le predicazioni, venne curato a San Damiano, ospite di Chiara e delle Sorelle.

Qui compose il Cantico delle Creature, opera di alta religiosità e lirismo, che contiene tutti gli ideali dell'umiltà e della grandezza francescana.

Sentendo prossima la fine terrena, si fece portare alla Porziuncola, in Santa Maria degli Angeli, dove si spense al tramonto della giornata del 3 ottobre 1226.

La processione che accompagnò le sue spoglie mortali dalla Porziuncola alla città, fece sosta a San Damiano per consentire a Chiara e alle sue Figlie di venerare le sacre stimmate, ora visibili a tutti.
Il santo, nella sua umiltà, aveva espresso il desiderio di essere sepolto sul Colle d'Inferno, una collina dove venivano giustiziati i criminali.   Il suo corpo fu provvisoriamente sistemato nella chiesa di San Giorgio (attualmente inclusa nella Chiesa di Santa Chiara).  Numerosi miracoli cominciarono a verificarsi presso la sua tomba.

Il 16 luglio 1228, Francesco fu canonizzato a San Giorgio da Gregorio IX,  La sua commemorazione liturgica è il 4 ottobre.   Il papa pose la prima pietra della grande basilica a due piani e il 25 maggio 1230, le sacre spoglie furono segretamente trasferite da Frate Elia e sepolte a grande profondità sotto l'altare principale della basilica inferiore. Qui, dopo essere rimasta sepolta per 6 secoli, la bara di Francesco fu trovata, il 12 dicembre 1818,  dopo una faticosa ricerca durata 52 notti.

Il suo saio è conservato in un reliquiario nella Basilica inferiore. La cripta fu costruita nel 1824  e totalmente ristrutturata nel 1932.

Le spoglie del santo sono al di sopra dell'altare in un sarcofago di pietra munito di sbarre metalliche. Quattro dei suoi primi compagni sono sepolti nei quattro angoli della stanza:  Leone, Angelo, Masseo, Rufino. 

Di fronte all'altare, tra le scalinate d'entrata e d'uscita, si trovano i resti mortali della nobildonna romana amica di Francesco, Jacopa de' Settesoli, in un'urna protetta da una griglia nera.