Chiara nacque il 16 luglio 1194,  e sua sorella minore Agnese nel 1197 o nel 1198. Erano figlie di Favarone Scifi, Conte di Sasso-Rosso, il ricco rappresentante di un'antica famiglia romana, che possedeva un palazzo ad Assisi, vicino la Cattedrale di San Rufino,  ed un castello sul Monte Subasio, vicino Assisi.  La loro madre, la beata Ortolana, apparteneva alla nobile famiglia Fiumi ed era una donna di grande zelo e devozione religiosa.  I loro cugini Silvestro e Rufino erano entrambi preti e si unirono a Francesco nel 1209 e nel 1210.

Lo incontrò segretamente e gli confidò il proprio desiderio di vivere "secondo il Vangelo", implorandolo di aiutarla.  Francesco, che aveva subito riconosciuto un'anima eletta,  destinata da Dio a grandi cose, promise di darle il suo aiuto.
La domenica delle Palme, 18 marzo 1212,  Chiara, elegantemente vestita, si recò nella cattedrale per la messa. Quando tutti si accalcarono alla balaustra dell'altare per ricevere un ramoscello d'olivo, lei rimase al suo post, come rapita in un sogno.  Il vescovo discese i gradini dell'altare e pose un ramoscello nella sua mano.
Quella notte, ella fuggì dalla casa di suo padre e raggiunse l'umile cappella della Porziuncola, dove Francesco e i suoi discepoli l'attendevano con fiaccole accese. Chiara si tolse i ricchi abiti, e Francesco, dopo averle tagliato i capelli, le diede una rozza tunica ed uno spesso velo.
Fu provvisoriamente sistemata da Francesco presso le monache benedettine di San Paolo, vicino Bastia, ma suo padre, che pensava di combinare per lei un ricco matrimonio, e che era furioso per la sua fuga segreta, scoprì il suo rifugio, fece di tutto per dissuaderla dai suoi propositi eroici, e tentò perfino di trascinarla a casa con la forza. Ma Chiara mantenne la sua posizione con fermezza, per cui il Conte Favarone si rassegnò a lasciarla in pace. Pochi giorni dopo, per assicurare a Chiara una solitudine maggiore, che tanto desiderava, Francesco la trasferì a Sant'Angelo di Panzo, un altro monastero di monache benedettine, situato su di un versante del Subasio.

Sedici giorni dopo Agnese si rifugiò presso lo stesso convento, decisa a seguire la vita di povertà e di penitenza della sorella maggiore,  A questo punto, la rabbia del Conte Favarone non ebbe limiti. Mandò a S.Angelo suo fratello Monaldo, con numerosi parenti e seguaci armati, per costringere in qualunque modo Agnese a ritornare.

Monaldo, fuori di sè dalla rabbia, alzò la spada per colpire la ragazza, ma fu temporaneamente paralizzato: il braccio gli ricadde inerte sul fianco; altri trascinarono Agnese per i capelli fuori dal monastero, colpendola e prendendola anche a calci ripetutamente. Chiara accorse subito in suo aiuto, ed improvvisamente il corpo di Agnese diventò così pesante che i cavalieri, avendo tentato invano di portarla via, la lasciarono cadere, mezza morta, in un campo vicino al convento. Sopraffatti da una forza spirituale contro cui nulla poteva la forza fisica, i parenti di Agnese furono obbligati ad arrendersi ed a permetterle di restare con Chiara.   Francesco, felicissimo per l'eroica resistenza di Agnese alle suppliche e alle minacce dei suoi persecutori, le tagliò subito i capelli e le diede l'abito della Povertà.

Francesco ottenne "San Damiano" dai benedettini come dimora permanente per le sue figlie spirituali.   Era una piccola rozza costruzione adiacente all'umile cappella che egli aveva aiutato a ristrutturare con le sue stesse mani.  Chiara e Agnese furono presto raggiunte dalla loro madre Ortolana e dalla sorella Beatrice, e da numerose altre donne di Assisi.  Così iniziò l'Ordine delle Povere Dame, o Clarisse, come sarebbe stato chiamato il Secondo Ordine di San Francesco.  Al principio, esse non avevano una regola scritta da seguire, ad eccezione di una brevissima formula vitae  data loro da Francesco.

Nel 1215, Chiara, contro la sua volontà, fu nominata badessa del convento ed occupò tale carica per 40 anni, fino alla morte. Nel 1219, le benedettine di Monticelli,  vicino Firenze, chiesero di diventare Clarisse e Francesco nominò Agnese loro badessa.  Esiste ancora una lettera scritta a Chiara dopo la loro separazione, ed è davvero toccante nella sua semplicità ed affettuosità.

Nello stesso anno, mentre Francesco si trovava in Oriente, il Cardinale Ugolino, allora protettore dell'Ordine, scrisse una regola per le Clarisse di Monticelli, basandosi sulla regola di S.Benedetto.  Questa nuova regola toglieva alle Povere Dame la caratteristica francescana dell'assoluta povertà e le rendeva a tutti gli effetti una congregazione di benedettine. Fu approvata da Papa Onorio III (Bull, "Sacrosancta", 9 dicembre 1219).

Chiara si rese conto che la nuova regola permetteva di tenere proprietà in comune, per cui oppose una coraggiosa e vittoriosa resistenza contro le innovazioni di Ugolino.  
Francesco aveva vietato alle Povere Dame, così come ai propri frati, di possedere qualunque bene terreno, neanche in comune. Non possedendo nulla, esse dipendevano unicamente da ciò che i Frati Minori potevano elemosinare per loro.

Piena di zelo per la diffusione dell'Ordine, Agnese fondò da Monticelli numerosi altri monasteri clariani inel norditalia, inclusi quelli di Mantova, Venezia e Padova, e tutti osservavano fedelmente gli insegnamenti di Francesco e Chiara, dipendendo solo dalle offerte, avendo fede cieca in Dio, che avrebbe provveduto a loro tramite la gente; la mancanza di rendite terriere era un'idea nuova a quell'epoca.   Ciò che maggiormente colpisce ed attrae nel suo carattere è l'amorevole fedeltà verso gli ideali della sorella maggiore e l'imperitura lealtà nell'appoggiare la sua lotta per la Serafica Povertà.

Chiara amava i bei sermoni e la musica.  Meditava quotidianamente sulla Passione. Quando apprese dei francescani martiri in Marocco nel 1221, tentò di andarvi per dare la propria vita per Dio, ma le fu negato.  A lei si rivolgeva Francesco, ogni qualvolta era in dubbio, e fu lei che lo spinse a continuare la sua missione fra la gente, quando egli pensava che forse la sua vera vocazione era nella vita contemplativa.
Coraggiosa e lieta fino all'ultimo, nonostante le sue lunghe e dolorose infermità,   si faceva sollevare nel letto e riuscì a preparare più di cento corporali per le chiese della piana e delle colline di Assisi.
Verso la fine della sua vita, quand'era troppo malata per assistere alla messa, un'immagine della funzione apparve sul muro della sua cella: per tale motivo è stata proclamata "patrona della televisione".

Durante un attacco di cecità e di malattia, Francesco si recò per l'ultima volta a San Damiano e Chiara costruì una piccola capanna per lui in un oliveto vicino al monastero, dove egli compose il magnifico "Cantico delle Creature".
Nel 1226, dopo la morte di Francesco, la processione che accompagnava i suoi resti mortali dalla Porziuncola alla città, si fermò lungo il percorso, affinchè Chiara e le sue figlie potessero vederlo un'ultima volta.  Per Chiara, Francesco era sempre vivo. e forse nulla è altrettanto impressionante, negli anni in cui Chiara sopravvisse a Francesco, della costante lealtà verso gli ideali del Poverello, e la gelosa cura con cui si rimase aggrappata alla sua regola e ad i suoi insegnamenti.
Nel 1228, il Cardinale Ugolino, nel frattempo asceso al trono papale con il nome di Papa Gregorio IX,  venne ad Assisi per la canonizzazione di Francesco.   Cercò di convincere Chiara ad ammorbidire un pò la povertà, che fino a quel momento era stata praticata  a San Damiano, quel tanto che bastava per accettare qualche mezzo di sostentamento, per i bisogni imprevisti della comunità.  Ma ella rifiutò fermamente.
Il 17 settembre 1228, il papa le garantì il famoso "Privilegium Paupertatis", il Privilegio della Povertà.  Il manoscritto originale di questo singolare "privilegio" è conservato nell'archivio di Santa Chiara ad Assisi.   Nessuno aveva mai richiesto, nè la Santa Sede aveva mai emesso un simile "privilegio", Dopo la morte di papa Gregorio IX, Chiara dovette ancora lottare per il principio dell'assoluta povertà, poichè papa Innocenzo IV avrebbe dato volentieri alle Clarisse una regola meno rigida, ma la fermezza con cui ella si oppose ebbe la meglio sul papa.

Nel 1234, le armate di Federico II devastarono la valle di Spoleto, ed i soldati, prima di dare l'assalto ad Assisi, attaccarono il convento di San Damiano.  Chiara, si alzò con calma dal suo letto, dove giaceva malata, ed affrontò gli invasori, mostrando loro il S.Sacramento in un ostensorio e pregando.  I soldati presero il volo.  In riferimento a tale episodio, ella viene generalmente raffigurata con un ostensorio in mano.
Poco tempo dopo, un'armata più numerosa cercò di devastare Assisi, comandata dal Generale Vitale di Aversa, che non era stato presente al primo attacco.  Chiara, riunendo intorno a sè le figlie, s'inginocchiò con loro in fervida preghiera, supplicando il Signore di risparmiare la città.  Immediatamente si scatenò una violenta tempesta, che causò la fuga precipitosa degli invasori. La gratitudine degli abitanti di Assisi, che attribuirono di comune accordo la loro salvezza all'intercessione di Chiara, accrebbe la loro devozione per la "Serafica Madre".

Quando Chiara sentì avvicinarsi il giorno della propria morte, chiamò intorno a sè le consorelle addolorate, ricordando loro i molti benefici che esse avevano ricevuto da Dio ed esortandole a perseverare con fede nell'osservanza della povertà evangelica.  Papa Innocenzo IV venne da Perugia per incontrare la santa ormai in fin di vita, e che aveva già ricevuto gli ultimi sacramenti dal Cardinale Rainaldo.   Finalmente, due giorni prima della morte di Chiara, il Papa,, senza dubbio indotto dalle reiterate richieste della badessa morente, confermò solennemente la Regola definitiva delle Clarisse (Bull, "Solet Annuere", 9 agosto 1253), ed in questo modo assicurò loro il tesoro prezioso della povertà che Chiara, seguendo Francesco, aveva scelto come proprio destino fin dall'inizio della sua conversione.
Agnese era tornata da Firenze per assistere Chiara durante l'ultima malattia; anche Leone, Angelo, e Ginepro, tre dei primi compagni di San Francesco, erano accanto al letto di morte di Chiara  e, su richiesta di lei, lessero ad alta voce il Vangelo secondo S.Giovanni, così come avevano fatto mentre Francesco stava morendo alla Porziuncola.  Il 11 agosto 1253, la santa fondatrice dell'Ordine delle Povere Dame volò serenamante in cielo.  Il Papa con la sua corte, venne a San Damiano per il suo funerale, che fu una vera e propria processione trionfale.

Le Clarisse desideravano far rimanere il corpo della loro fondatrice a San Damiano, ma i magistrati interferirono e fecero in modo che le venerate spoglie di colei che aveva salvato due volte Assisi dalla distruzione, fossero custodite in città.   La fama dei miracoli di Chiara era ormai largamente diffusa.  Non era prudente, dicevano gli abitanti di Assisi, che il suo corpo restasse senza protezione al di fuori delle mura della città.  Inoltre, ella meritava anche una chiesa costruita in suo onore.

Nel frattempo, le spoglie di Chiara vennero sistemate nella chiesa di S.Giorgio (ora inclusa nella basilica di S.Chiara), dove il corpo di Francesco era stato sepolto in attesa della costruzione della Basilica di San Francesco.
Il 26 settembre 1255, Chiara fu canonizzata da Alessandro IV,  e poco dopo venne iniziata la costruzione della chiesa a lei dedicata.

Il 3 ottobre 1260, le spoglie di Chiara furono sepolte a grande profondità nella terra sottostante l'altare maggiore della nuova chiesa, in modo che fosse impossibile raggiungerle.  Dopo esser rimaste nascoste per sei secoli, come i resti di San Francesco, e dopo molte ricerche, la tomba di Chiara fu ritrovata nel 1850. 

Finalmente, il 29 settembre 1872, le ossa della santa furono trasferite in pompa magna dall'Arcivescovo Pecci,  divenuto in seguito Leone XIII, nel santuario della cripta di Santa Chiara. 

Nel 1253, Agnese , essendo tornata a San Damiano durante l'ultima malattia di Chiara, fu presente alla sua morte ed al suo funerale.  Tre mesi dopo, il 16 novembre dello stesso anno, Agnese seguì la sorella maggiore verso l'eterna ricompensa, come era stato predetto da Chiara.
Sua madre Ortolana e la sorella Beatrice erano già volate in cielo.  Le preziose spoglie di Sant'Agnese riposano vicino a quelle di sua madre e delle sue sorelle nella chiesa di Santa Chiara ad Assisi.
Dio, che in vita aveva concesso ad Agnese tante manifestazioni della sua benevolenza,   magnificò la sua tomba con numerosi miracoli.  Agnese fu canonizzata nel 1753 da Benedetto XIV.